1956年12月26日,成立常州市中醫醫院,院址在老城區一角,青山橋南,前臨北直街,后依天皇堂弄的一個狹小區域。
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1958年1月,我院開辦時珍國藥廠,時有工作人員5人,手工操作為主。
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1958年3月,在青山橋西南側,建成兩層水泥磚木結構門診樓一棟,建筑面積992.2平方米。
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1964年10月,在門診大樓西側建造兩層水泥磚木結構病房樓一座,建筑面積1270平方米。次年7月 ,投入使用。設正規病床100張。
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1966年10月,醫院更名為常州市第五人民醫院。1970年4月25日,醫院被迫撤消。
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1975年10月,常州市委和市革委會決定恢復常州市中醫醫院,并由衛生局成立復院籌備小組,羊琪任復院籌備組組長,負責醫院籌建工作。
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1977年3月15日,醫院復院,正式開診。
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1981年,根據市政府規劃與部署,醫院搬遷至麻巷(原常州市第三人民醫院舊址,現址和平南路156號)。設3個病區,開放床位150張。
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1983年12月,改擴建原門診樓為病房樓,新增病房面積1816平方米,共設六個病區,新增病床126張。
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1986年2月,藥劑樓開工建設。面積3296平方米,共七層,用作制劑加工、中西藥配方、中西藥庫、藥檢室、藥劑行政辦公。
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1987年9月30日,據常衛辦[87]第187號文,成立常州市中醫研究所。
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1996年底,醫院通過江蘇省三級甲等綜合性中醫醫院的驗收評審。病房大樓的竣工、啟用。
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1998年6月18日,成立北環街道社區衛生服務中心(常州市中醫院北環門診部)。
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2001年,附院掛牌——南京中醫藥大學附屬常州醫院。
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2004年3月12日,常州市天寧區同濟醫院成建制劃歸常州市中醫醫院,成立常州市中醫院南院。
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2005年12月23日,舉行門診病房綜合樓開工典禮。
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2008年6月17日,市長王偉成簽署第八號市長辦公會議紀要,正式確認我院與鐘樓區醫院、常州市口腔醫院整合。
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2009年2月,本院晉升為正處級單位。
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2010年6月23日,門診病房綜合樓投入使用。
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2011年1月11日,市長王偉成、南京中醫藥大學校長吳勉華、人大常委會副主任趙忠和、院長張琪為新大樓啟用揭幕。
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2011年2月24日,國家中醫藥管理局副局長于文明來院視察。
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2012年8月,我院高分通過國家中醫藥管理局三級中醫醫院等級評審。
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2012年8月,我院院訓“精誠守和”榮獲中華中醫藥學會中醫藥標志性文化作品二等獎。
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2013年7月30日,國家級孟河醫派傳承工作室落戶我院。
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2013年11月29日,與美國加州中醫藥大學簽訂孟河醫學流派學術傳承合作協議。
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2013年11月30日,成功舉辦第二屆孟河醫派國際高峰論壇,中共常州市委書記閻立,江蘇省衛生廳副廳長、中醫藥局局長陳亦江、常州市副市長張云云、常州市政協副主席、市衛生局局長陳建國出席了開幕式。
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2014年10月,開通“掌上常中醫”、“掌上口腔”服務,簡化了就醫流程,提高就診效率,有效緩解了“看病難、就醫煩”問題。
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2014年10月,在全國第二屆醫院品管圈大賽中喜獲三等獎。
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2015年2月,承辦華東片區中醫藥傳統知識保護工作交流會。
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2018年,升格為孟河醫學研究院。
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2019年12月17日, 急診病房綜合樓落成。
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2020年06月06日,急診病房綜合樓全面運營。
2021年9月,成功創建老年友善醫院,文件當年12月31日下發。
2021年10月,成為江蘇省中醫藥貿易服務基地。
2021年10月16日,第17期援馬耳他醫療隊正式出發,開展為期一年的援外醫療工作。
2021年10月20日,常州市中醫醫院成為常州市中醫惠喬基地。
2021年10月23日,由我院承辦的“孟河醫派傳承與創新高峰論壇暨世界孟河醫派發展聯盟啟動儀式”隆重舉行。
2022年9月3日,召開首屆龍城中醫康復論壇暨常州市中醫康復專科聯盟、質控中心成立大會。
2022年12月20日,配合市疫情防控指揮中心為全市老年人加工發放宣肺清熱湯88萬人份,共3555152袋。